农产品收购企业向农业生产者收购免税农产品时，通常可以按买价的一定扣除率计算抵扣增值税进项税额。购买时，按买价乘以扣除率计算进项税额，按买价扣除进项税额后的金额计入采购成本。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，一般纳税人购进农产品，除取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额（现行政策）。例如，收购农产品支付买价100,000元，扣除率9%，则进项税额为9,000元，采购成本为91,000元。
1. 向农业生产者收购免税农产品并验收入库，款项已支付：
借：库存商品（农产品） 91,000
应交税费——应交增值税（进项税额） 9,000
贷：银行存款 100,000
2. 若收购后作为原材料用于生产，且后续用于生产13%税率货物，可按10%扣除率加计扣除：
借：原材料 90,000
应交税费——应交增值税（进项税额） 10,000
贷：银行存款 100,000
（注：加计扣除部分在实际领用时计算）
3. 若企业为小规模纳税人，收购免税农产品不得抵扣进项税额，按买价全额计入成本：
借：库存商品（农产品） 100,000
贷：银行存款 100,000
4. 若收购农产品直接用于免税项目或集体福利等不得抵扣情形，同样按买价全额计入相关成本费用：
借：库存商品/管理费用等 100,000
贷：银行存款 100,000
主要依据：《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条、财税〔2017〕37号、财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号等。
